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rdquo;中黑色守望不惜要毁灭纽约也要控制病毒漫延的原因。
Gentek基因公司的创建者，McMullen因为感觉自己的合作对象，美国军方似乎一直在向自己隐藏关键信息，所以他以中止合作作为威胁，换取了所有的机密资料，以及整个实验的核心研究对象－－－几十年来一直处于冰冻状态的伊丽莎白。于是，“红光”病毒的进化稳定版本，“黑光病毒”得以出现并进行更完善的研究。然后即使在Gentek内部，也只有极少数高层人物了解这一项目的真实目的。基层科学家们只知道自己所研究的是一种能够促进身体组织和器官快速愈合的新药，用于治疗那些严重影响人类生命健康的不治之症，却不知道自己的研究成果已被另一个秘密团队（D-Code）小组拿走，还制造了161名没有自主意识的基因超级士兵。
在研发过程中，项目小组的首席科学家Alex博士对于实验过程中造成的大量动物死亡，以及高达14种人造病毒株的事实产生了疑惑。出于公众安全和社会责任考虑，他携带了一个病毒植株作为证物，准备将Gentek和军方的罪恶计划向世人公布，然而因为同事的告密，亚历克斯在宾州车站与赶来拦截的黑色守望士兵发生冲突并被逼入绝境。走投无路的亚历克斯摔碎了罐体，导致整个曼哈顿岛被感染，自己也被高浓度的黑光病毒所吞噬。不过幸运的是，黑光病毒无法通过水和空气传播，因此哈德逊河阻隔了病毒向纽约市中心的扩散。
同时，在Gentek实验室，本应该已经中枪死亡的Alex却慢慢苏醒过来。这时的“他”
游戏杂志EGM虐杀原型2封面
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已经不是人类，而是作为“黑光”第一个感染的人类的人格化的宿主，也就是原型体（Prototype）。因为人类的Alex已死，所以此时的原型体空有Alex的人格，外貌，却丧失了原来的全部记忆。蜂拥而来的黑色守望士兵让Alex了解到自己是人人欲诛的重要目标，同时也发现了自己拥有常人不可能拥有的“超能力”。所以他更想知道“我是什么”而不是“我是谁”。
在利用自己的能力吸收了数名“BW”高级官员的记忆之后，原型体Alex也了
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